前面我们已经介绍过了菩提树，是桑科榕属的植物。《大唐西域记》云：菩提树者，即毕钵罗之树也。昔佛在世，高数百尺，屡经残伐，尤高四、五丈。佛坐其下成等正觉，因此谓之菩提树焉。其果实是扁球状的隐花果，成熟时红色，类似无花果的果实，种子细小。因此，菩提树的种子是无法做成菩提子佛珠的。

通常认为最原始的菩提子指一种产于雪山附近、名字叫川谷的一年草本植物。根据《丁福保佛学大词典》，藏语称之Bodi－ci果，可以作数珠，产于雪山地方，非菩提树之实也。校量数珠功德经曰：“若用菩提子为数珠者，或用掏念，或但手持数诵一遍，其福无量。”菩提子名川谷，一年生草。所在有之，春生苗，茎高三四尺，叶如黍，开红白花作穗，体夏秋之间结实，圆而色白，有坚壳，如珐琅质。俗用为念佛之数珠，故名菩提子。木本者别为一种。中国惟天台山有之，谓之天台菩提。川谷的植物学名为薏苡，属于禾本科薏苡属植物。李时珍《本草纲目》记载薏苡有二种，一种粘牙，尖而壳薄，其米白色，可食，即我们日常栽培的薏米。另一种野生的，圆而壳厚坚硬者，即菩提子也。

在我们日常生活中还流行各式各样的菩提子手串，其实是一个很宽泛的大类，基本都是各类植物种子或果实做成的佛珠。常见的有金刚菩提子、星月菩提子、莲花菩提子、凤眼菩提子、金钱菩提子、天意菩提子、天竺菩提子、缅茄菩提子等。虽然菩提子种类繁多，但没有一种是菩提树所结的种子。市面上常见金刚菩提子，其实是杜英科圆果杜英的果实，是一种大型常绿阔叶树木，学名是Elaeocarpusganitrus。树叶是绿色的，树皮是白色的，主要生长在海拔米以上的高原地带比较昂贵。金刚菩提在佛教中的意思是可以摧毁一切邪恶的力量，而金刚菩提的价值取决于珠子的大小和纹路的变化程度，通常五瓣、六瓣、七瓣的比较常见，瓣数越多、珠子越大价格就越高。

《本草纲目》关于无患子的介绍中，举出无患子之七种异名，其中之一即称菩提子，可见无患子的种子也可以被称为菩提子。总之，菩提子家族"人丁兴旺”，共有多种。既然菩提子不是菩提树的种子,那么依佛理“空即是有，空有不二”，一切草本果实及种子只要能做成佛珠的都可以称为菩提子。